药学专业和制药工程专业是普通本科高等学校的两个不同的与药品研发、生产等过程相关的专业。这两个专业在人才培养方式和教学实践的开展上有着一定的联系和区别，尤其对于大类招生背景下两个专业同时开设的高等院校来说，在具体培养实践中摸索两者在各方面的异同，以便两专业的协调发展就显得非常重要。本文就近几年重庆理工大学药学专业与制药工程专业在大类招生背景下的招生、分流等实践情况进行总结，并提出一些专业发展与学生差异化培养的思考。